台南區農改場指出，魚菜共生系統的原理，是將養殖物排放至水中的排廢物，經硝化作用後由植物吸收。藉由細菌及植物將水淨化後，再回收當作新的養殖用水，因而提高了水的利用效率，是一種低耗能並對環境友善的生產方式。
台南區農改場分別建置水耕型及礫耕型兩種不同型式的魚菜共生系統，以兩年時間試驗。結果顯示養殖水可提供作物生長所需的養份，但會有微量元素缺乏的問題，透過適量補充可使作物正常生長；作物能淨化水質讓養殖水得以不斷循環再利用。
台南區農改場指出，如果能控制合適的魚放養密度、適量投餌餵食，並配合季節選擇作物，以及適時適量補充作物所需的養分，魚菜共生系統能同時達到節能、省水、省肥的效果。
台南區農改場指出，水產養殖和農耕結合的魚菜共生概念，正慢慢延伸到世界各個角落。未來會有愈來愈多人在大廈屋頂、客廳角落及居家陽台，設置以養魚水灌溉植物的生態系統，既能營造綠色景觀，保持清新寧靜的生活環境，並提供家庭新鮮、衛生、無污染的蔬果。1050518