媒體報導，1名18歲高中生，2009年接種流感疫苗後，陸續出現蕁麻疹、急性瀰散性腦脊髓炎（ADEM）等症狀，疑似兩年引發敗血症死亡，台北高等法院認定，無法排除疫苗與死亡關聯性，判衛福部須賠償208萬元，疾管署署長郭旭崧強調，法院應尊重專業，一定會上訴確保疫苗接種體系。
郭旭崧說明，這次是首宗防接種受害救濟案敗訴，很可能讓民眾產生恐慌，烙下疫苗不安全印象，對於防疫非常不利，預防接種受害救濟審議小組就是希望能保護民眾，如果法院可以推翻專業判定，未來將會有許多後果，很可能讓醫療單位與疫苗廠商，都不敢提供相關服務，擔心未來會有官司纏訟。
疫苗救濟審議制度來自美國，原本由疫苗法庭判定，當判決出現就是最後結果，不會相互官司纏訟，台灣將審議則放在行政體系內，但審議小組是獨立組織；假使民眾對於審議決定不符，藉由司法機關推翻，很可能帶來許多困擾，郭旭崧不排出能夠和法律界能夠多家溝通，相互交換意見。
郭旭崧補充，首次法院推翻疫苗救濟審議小組決議，擔心未來可能有許多難處，假使不論小病、重症、死亡都推給疫苗導致，因果判定將相當難為，特別是民眾對於疫苗看法，可能讓醫界許多人擔心不良效應，不敢施打疫苗，但食藥署已經台灣現有疫苗，都是經過安全測試，危害風險相當小。