新政府將在總統府設置新南向政策辦公室，由前外交部長黃志芳任辦公室主任，卻遭藍委質疑是「黑機關」恐架空閣揆。對此，準總統府發言人黃重諺今（16）表示，新南向政策辦公室是任務編組，主要工作為政策協調，相關作業原則與編組都符合中央機關組織基準法的規定，與各機關相輔相成，政策執行仍以政院相關單位為主，沒有黑機關、架空問題。
黃重諺表示，外交與對外經貿戰略的擘畫是總統主要職權，「新南向政策」則是準總統蔡英文的重大對外政策，總統府設置這樣的任務編組，是展現總統對這項政策的重視，類似任務編組例如馬總統在總統府設置的人權諮詢委員會、行政院內部設置食安辦公室等，外交部的APEC小組等相關做法行之有年。
他指出，這個任務編組的成效與未來發展，重點在主事者的決心與能力，相較於舊南向只重在加強對東南亞經貿投資，新南向強調以人為核心的台灣新經濟戰略，是產業、人才、觀光、文化、教育全方位的雙向交流，因而有此任務編組。至於所謂推動新南向就「代表要跟中國抗爭」的說法，純是無謂政治口水，不值一駁。