中研院長任命須閣揆副署，但內閣已總辭，外傳總統馬英九針對中研院長人事案放話只是「打假球」，可能是要杯葛特定人。不過，馬總統日前受訪說，他沒有和三候選人談過之前，不會貿然做任何決定，時間如果不夠，在徵詢準總統蔡英文之後來做，或者是由蔡英文來做，「我都沒有排除。」
至於傳聞候選人郭位是「馬友友」，馬總統日前也已澄清，他是在第2任才認識，過去在建中念書、服兵役時沒見過，直到日本311地震後，他讀了郭位出的一本相關的書後，請郭位到總統府相談才認識。
但有法界人士推測，張善政不可能在「請辭中」的狀態副署，如果三位候選人未出席與馬總統的會面，總統可能將人事案退回中研院，而造成新政府的困擾。
或者在約見之後，「要求中研院退回重議，這就達到杯葛特定人選的目的了」，因為據傳中研院長候選人得票數最高的是廖俊智，而廖是蔡英文屬意人選。
行政院長張善政14日被問副署程序時則說，「對不起，我也不清楚」，「除非總統已經決定並要我副署」。
張善政說，中研院不是在行政院底下機構，他過去沒注意有這個規定。
張善政認為，中研院這案子是馬總統任內送進來，總統依法有權力批，不過適宜度上應該和蔡英文交換意見，總統也親口告訴他準備就人選和蔡英文交換意見。