中研院評議會4月16日選出3位院長候選人，並上呈總統府，目前總統馬英九還未圈選。院士項武忠等人發起連署，指遴選有太過倉促、臨時改變投票規則等爭議，呼籲總統府退回名單。另一方面，前副院長劉翠溶等人則連署，捍衛評議會的立場，認為程序完備，對得起投下的選票。
總統馬英九10日在同意翁啟惠辭呈的函中，希望中研院正視遴選爭議並研議解決之道，並盼安排與3位候選人親自面談。
5月20日政權輪替在即，副總統當選人陳建仁今天以院士身分出席中研院院士季會，首度對院長遴選事件表態。
陳建仁明確表示，中研院長遴選過程「合理、合法」，總統當選人蔡英文會尊重評議會。他同時向總統馬英九喊話，指新的中研院長必須和準總統蔡英文共事4年，希望人選由蔡英文決定。
不過，許多中研院士希望暫緩圈選，待今年7月初舉辦的兩年一度院士會議，由海內外院士共同討論出一套解決爭議的方法。媒體今天追問陳建仁，若由蔡英文圈選，是否會在院士會議前完成？陳建仁只說，「這個不清楚。」