總統馬英九11日接受媒體訪問時表示，遴選中研院新院長事宜既已啟動過程，就不能停下來了，目前正在邀約3位候選人，已確定約到2位，希望本周能跟他們見面。
馬總統也表示，雖然其中之一的郭位院士已說要退出，但因中研院送來的名單是3位，而且郭位是在投票後退出，中研院認定投票是有效的、不能隨便把他名字拿掉，「目前名單還是3位」。
對於批准中研院長翁啟惠請辭，馬總統指出，翁是在3月28日打越洋電話表示要請辭，他認為這麼重要職位用打電話請辭不宜；隔天翁啟惠又以 email書面請辭，他認為事關重大，因此當時是暫不作決定、等翁啟惠做完了該做的事後再作決定。
馬總統說，後來他與翁會面時，翁又說如果他請辭、三副院長要跟著走、中研院恐陷入混亂，他則回應翁應不致於。之後準總統蔡英文、中研院前院長李遠哲及立法院朝野等，都要求翁辭職，而這兩周蒐集所有意見後，決定批准翁啟惠辭呈。
馬總統表示，翁先前已經辭職了，翁當時是說擔心辭職恐造成混亂，並沒有說不辭，「我的解讀是請辭待命狀態」，因此在前天作出准辭決定，他強調，如翁沒說清楚、沒法跟社會交代，因此第一時間是請翁說清楚後再處理其進退問題。
馬總統說，後來又陸續有檢調約搜索、翁涉案情況深等情事，所以就更要審慎，等大家都認為翁啟惠該離開時，就沒有太大阻力，時間是較久一點，但過程相當平順。
不過馬總統也說，他有注意到院士的退回名單連署，不過中研院仍有不同聲音、還沒有形成共識；雖然有瑕疵但還沒達到法律退回的要求，既然不退回，就應把3人請回台灣，與之交意見後再作決定。