WhatsApp桌面應用版本與網頁版同樣是手機應用的延伸版，代表應用程式會在電腦上反映和顯示手機上的對話和訊息。
WhatsApp桌機版適用於Windows 8以上及Mac OS 10.9以上的系統，並會與手機版WhatsApp同步。由於應用程式會直接在電腦桌面上運作，用戶會有電腦桌面通知、鍵盤快捷鍵和其他功能等支援。
下載WhatsApp桌機版後，用戶需要打開應用程式並使用手機版WhatsApp應用程式來掃描QR條碼，才能登入。
有網友在批踢踢（PTT）八卦版抱怨，「為什麼得要用手機二維條碼登入，我要用手機號碼及自訂密碼登入...」；也有其他網友指出，亞洲其實很少人使用WhatsApp。