政權交接之際，法務部10日批准執行死刑犯鄭捷死刑，這是他遭最高法院判處死刑定讞後第19天，台北看守所晚間響起3聲槍響，鄭捷伏法。
應曉薇表示，在輔導鄭捷過程中，她記得兩人第一次見面時，鄭捷像個值日生般，在舍房排上課桌椅，等大家坐定，乖乖上課；第二次上課時，她一個個詢問，輪到鄭捷時問到「你後悔殺人嗎？」
她轉述說，鄭捷回答「毫不後悔」。
進行第三次輔導時，應曉薇說，記得是鄭捷剛開完庭，鄭捷向她嚴重抗議，「媒體報導的開庭情況不是真實現況」。
應曉薇提到，輔導過程中，鄭捷即使因違規而被移到犯責房，他仍然認為自己沒有錯，反而是帶領大家應該檢討犯責規定。
她說，自己不會忘記鄭捷上課時的眼光，「他凝視我，也迴避我」。鄭捷是她輔導死刑犯20年中，連她自己都會要求應該帶警報器輔導死刑犯的人之一，「因為他很可怕，他的一言一行中，他從未認知犯過錯」。