法務部表示，部長羅瑩雪今天批准鄭捷執行令，在今晚8時47分到58分之間，由台灣高等法院檢察署在法務部矯正署臺北看守所刑場執行，執行前先以麻醉使鄭捷失去知覺，符合人道，並由檢察官會同法醫師覆驗確認死亡，完成執行程序。
法務部表示，收到最高檢察署全案卷證資料後，依往例確認死囚有無聲請釋憲、非常上訴、再審及精神狀態等情狀，由參事審核卷宗；再由法務部部長邀集次長、主任秘書、法制司司長、檢察司司長及承辦人員開會審查。
法務部表示，並向司法院、最高法院、臺灣高等法院、最高檢察署及矯正機關查詢死刑犯有無聲請再審、非常上訴、大法官解釋、心神喪失及心理或智能障礙，最後並再向總統府確認均無申請或獲得赦免，批准執行，對死刑犯的人權保障程序已臻完備。
法務部指出，鄭捷案影響社會層面甚廣，社會大眾紛紛要求法務部應依法執行死刑，以彰顯社會公義。法務部理解，人權保障固然是普世價值，但刑事政策須兼顧被害人人權及社會正義，發揮刑罰抗衡犯罪的功能，以維護社會秩序安定，保障絕大多數善良百姓的安全與福祉。