對於世界衛生大會(WHA)邀請函所引發的爭議，準行政院發言人童振源10日表示，台灣參與國際組織的活動時，不應受到任何政治框架的限制，特別是台灣人民的健康是普遍基本人權，台灣必須務實且有意義的參與世界衛生組織。童振源：『(原音)這樣的參與不僅攸關國人的健康權益，而且是世界衛生及防疫體系中不可或缺的一環，所以我想未來我們會積極的參與，但也不希望有任何的政治框架加諸於台灣的參與。』
至於為何現任政府及接任政府分別給世界衛生組織回函，童振源表示，是因為現任政府認為他們必須有一個正式的回函，但又無法充分說明接任政府的立場，所以建議接任政府提供第二份說明，並附上出席名單。
據了解，接任政府的回函已在8日傍晚交給現任政府，並透過適當管道處理。由於無法透過網路報名，所以是透過外交部駐日內瓦代表處親自遞交。目前確定世界衛生組織秘書處已收到這2封回函及出席名單，但我方還沒有收到世衛組織的確切回覆。
民進黨方面認為，WHO應不會有技術性阻擋，但對於後續發展，各種情況都可能會發生，因此會再進行推演分析，但目前沒有具體定案。