世界衛生組織(WHO)發出對我方參與第69屆世界衛生大會(WHA)的邀請函，針對函上加註聯合國2758號決議，涉及「一個中國」原則，衛福部在回函中重申政府8年來堅持「九二共識」的一貫立場；準衛福部長林奏延則將另外回函，提供這次出席的團員名單，函中並將納入新政府的立場，包括台灣人民的健康及參與國際社會的權益絕不能以任何政治框架加以限縮，且「一中原則」與台灣參與WHA並無關聯。
對此，行政院長張善政10日受訪時表示，外界認為我方回兩封函是新、舊政府在吵架，但並非如此，馬英九總統強調的是過去的做法，民進黨強調的則是未來希望的做法。他指出，就現任政府而言，聯合國在信中提的「一中原則」是指中國大陸，我方當然不承認，因此政府要回函強調所謂的「一中」是馬英九總統上任這8年來與對岸達成的默契，也就是「九二共識、一中各表」，因此，台灣這幾年才能再參加WHA，做此回應是為了留下歷史紀錄。他說：『(原音)聯合國決議的一中原則講的是大陸，我們當然不承認一中是大陸，所以一定要回應，要回應的原因是因為我們要留下一個歷史紀錄，不能說我們默認聯合國決議的一中就是大陸，我們都不吭聲，這個大家都可以理解，我們不可能不回應，所以我們要回應我們講的一中是對岸跟我們有默契的一中各表，大陸同意，所以我們才能參加過去這7年。』
張善政說，民進黨強調健康人權是普世價值，應該與政治脫勾，理想上當然是這樣沒錯，民進黨希望循這樣的模式參加國際組織，但國際現狀不允許台灣這麼理想的解釋，國際實務操作上也沒有這樣的空間，他不清楚未來民進黨政府會如何對「九二共識」表態，但台灣的國際空間存在與否要看國際組織，其中會有大陸方面的操作。
張善政強調，國際情況不是全民有共識即可，像是台灣想跟世界主要國家建立外交關係、想要重返聯合國，這些難道只要有全民共識就能做到嗎？這牽涉國際現實問題。他雖然也認為國際參與的空間應該是國家的權利，但國際大權操作事與願違，就看民進黨政府未來要如何努力達成目標。