為了保護飛魚祭典文化，原民會規定每年的3至6月的飛魚季節，蘭嶼外海6海里內的海域禁止10噸以上漁船捕魚，也禁止使用流刺網、追逐網，或毒魚、炸魚等手段。
台東縣政府更進一步公告，每年2月1日至7月31 日，其他船筏禁止於蘭嶼沿岸3浬海域內捕魚，10噸以上漁船禁止於6浬內採捕飛魚，10噸以下漁船不得使用類似水上摩托車等高速載具驅趕飛魚。
由於這項限制也影響到屏東漁船到蘭嶼海域捕魚權益，日前恆春後壁湖漁民不滿，揚言抵制旅客從後壁湖到蘭嶼。
蘭嶼鄉長夏曼‧迦拉牧強調絕不妥協，迦拉牧說，飛魚文化架構整個達悟族的文化，飛魚文化被破壞了，蘭嶼島上的生活、生態也會被改變，因此這個堅持不能破壞。
蘭嶼縣議員黃天德表示，保護飛魚季，不只是對外來漁船有限制，蘭嶼人也開始討論要針對潛水業做規範。
台東新港區漁會表示，飛魚靠岸洄游，限制6海浬外，事會影響到對屏東漁船捕抓，但蘭嶼這時僅捕捉飛魚維生、文化相對珍貴，政府應讓雙方對話，找出平衡點。
客輪業者則感到很無奈，業者說，交通輪又不捕魚，沒立場干預捕魚的事，不過卻無端捲入捕抓飛魚的紛爭，建議政府介入協調。