有關報載105年4月25日至5月5日海研一號編號1135航次，主要執行能源國家型計畫中之兩項計畫：「台灣西南海域天然氣水合物資源台德合作探勘計畫」、「天然氣水合物對於深海生物多樣性與生態功能之影響評估」，及經濟部(中央地質調查所)105年度「臺灣東北海域礦產資源潛能調查」計畫，領隊為嘉義大學生物資源學系陳宣汶助理教授。科技部5/5說明指出，本航次相關作業地點及任務於4月11日已由海研一號依通報作業程序，通知相關機關(包含國安會、外交部、海巡署、科技部等)。
科技部表示，海研一號於4月25日下午出高雄港後先前往台灣西南海域作業，於5月2日下午航經台灣南部海域，轉赴東北海域持續執行第二階段探測計畫。於5月4日早晨抵達東北海域測區開始進行作業。當日下午2時15分時發現有日本海保廳巡防艦（PL-83）靠近研究船側邊並廣播請海研一號離開此海域，船上依標準通報作業程序，將發生日艦干擾情形報知海巡署，海巡署即調派南投艦（舷號CG_122）前往協助，海巡南投艦於下午5時30分到達研究船附近海域開始戒護並與日本海巡艦對峙，研究船因此得以完成相關探測作業，直到5月5日上午4時海研一號作業結束返航。
科技部表示，本航次係在北緯24度56分、東經122度42分(三貂角東方40浬、釣魚台西南方63浬，臺日漁業協議適用海域D點處)遭遇日方干擾，惟該區域是我國的專屬經濟海域，我國應有權利在該海域進行研究，而不需要經過日方許可。鑒於日方近年對我國海域科學研究進行干擾情況屢見不鮮，透過海域作業突發事件通報機制，海巡署均能適時配合提供必要的協助，本部特此表示感謝。至於我國與日本主權重疊的海域位置之研究調查工作，行政院已請外交部能積極與日方進行協商，以期終能達到雙贏的目標。