立法院經濟委員會今天審查「東聖吉16號事件後續處理情形及台日漁業協議」。
邱志偉質詢時提問，台灣2005、2012年也在沖之鳥礁向外 12到200浬海域發生漁船被扣事件，今年發生扣船事件後，總統馬英九下令護漁 1個月，前後處理方式不一；日本卻都有標準作業規範，且徹底執行，例如執法都有通知我方，「反而我們前後處理方式不一樣」。
農委會漁業署署長蔡日耀說明，前面 2次發生時，船已被扣，不是不護漁。行政院海岸巡防署副署長龔光宇也說，護漁都是接獲漁業署通知後，就派公務船護漁，護漁的原則是不挑釁、不衝突、不迴避。
邱志偉接著問說，「那（護漁）1個月後呢？」「對方態度強硬，若開砲呢？」龔光宇先是回覆，這是假設性問題。邱志偉堅持，假設性情況也必須考量在標準作業機制之內，龔光宇於是說，「我們也有武力」，邱志偉接著說，「那將升高兩國對峙情勢了？」
邱志偉又問，「同一水域，其他國家漁船有無被日本扣留過？」農委會漁業署署長蔡日耀說，「沒聽過」。
邱志偉強調，「外交必須要理性、冷靜，不管是人民情感、地緣因素都很緊密」。他主張，「『台日漁業協議』要擴大到（包含）爭議水域」，透過外交談判將爭議水域納入處理規範中。
龔光宇說，「對！這是上策」。邱志偉則說，「上策是外交折衝談判處理，下策是馬總統下令的護漁」。
外交部亞東關係協會副秘書長周學佑則說，2005、2012年同樣水域也發生過日本扣留我漁船事件，已建立實務上、做法上的相互認知，即日本執法前通告我方的通聯機制，漁業署也派員駐東京。
隨後時代力量立委黃國昌堅持，我方應向日本提出國際仲裁的要求。周學佑回覆，正在積極研議中，但目前尚未達到這個階段（向日本要求國際仲裁），具體實施前要先進行評估，要取得對方的合意；提出要求之前，要先進行若干協商與溝通。
此外，周學佑也補充，目前日方很清楚我方的 3項主張，包含要求日方知悉我國跟其他國可在公海上捕魚、建立通報機制避免再發生類似事件，以及承諾不要在此事件發生的海域扣捕我漁船。