台灣海洋調查研究船目前共有海研一、二、三號研究船，分放在台大、海洋、中山三所大學保管，但經費及船期管理都由科技部負責。自然科學及永續研究發展司司長陳于高受訪表示，海研一號這次執行的研究計畫為國家型能源計劃和經濟部中央地質調查所礦產調查計畫。
他說，台灣東部海域與日本宣示的經濟海域有部分重疊，除了漁船捕魚外，海洋調查研究船在附近進行研究計畫時，也常遭到日方「關注」，以海研一、二、三號研究船每年出航約200天計算，類似的情形不勝枚舉，但我方大都低調，以免引發日方緊張情緒。
陳于高指出，包括海巡署、外交部等相關單位都已建立SOP（標準作業程序），如果是大學的研究型計畫，海巡署會盡量護巡，但若是政府單位的研究計畫就一定會事先通報，海巡署也會隨時待命支援，維護我方研究計畫進行順利。