海巡署1日啟動前往沖之鳥礁水域展開護漁行動。對此，準行政院發言人童振源今（1）接受電台訪問表示，政府要維護漁民權利，盼台灣政府跟日本保持密切溝通，釐清相關執法爭議爭議釐清，國際法原則可做判斷依據。在此之前，希望雙方面不要干擾漁業作業，此外，未來新政府也會跟日本做更密切溝通。
國民黨主席洪秀柱日前指出，與肯亞案相較，民進黨應對不一樣的事情同樣態度，否則讓人覺得有兩套標準。童解釋，台灣跟日本是長期友善關係，目前也有很多溝通管道，不需要升高到敵對的對話或放話。但對陸溝通管道有限，以肯亞案來說，和中國大陸溝通層次、管道有侷限，若雙方有更多溝通管道，對話會比較順暢。此外，兩岸關係有時是政治性問題，例如由副主委或主委直接熱線對話，溝通會比較順利。
針對肯亞案，童也強調，中國大陸在第三國不應該把人粗暴帶走，這是我方要抗議的，但對於犯罪行為，希望雙方合作。例對於跨境犯罪管轄權處理上，都要雙方面坐下溝通，以免造成雙方情勢緊張、對兩岸人民情感也不好。
至於童任教職期間，曾在研討會中表示「蔡英文接受九二共識是不可能選項」。他解釋，他有他個人的判斷與專業，但接任發言人，很多說法會涉及政府政策，對外發言涉及敏感問題，不宜再用他個人看法做詮釋。