依據規定，「國土計畫法」施行後2年內，內政部應公告實施「全國國土計畫」；施行後4年內，直轄市、縣（市）政府應公告實施「直轄市、縣（市）國土計畫」；施行後6年內，直轄市、縣（市）政府應公告「國土功能分區」，亦即民國111年5月1日前，「國土計畫法」將全面上路，屆時「區域計畫法」及相關「區域計畫」將予以廢止；至實施「都市計畫」或「國家公園計畫」地區，仍依「都市計畫法」或「國家公園法」進行管制，惟其計畫內容後續應依據「國土計畫」規定進行檢討修正。
為減緩新法對民眾的衝擊，針對未來不符合國土功能分區管制規定的建築物或設施，如屬區域計畫實施前就已經存在，或區域計畫實施後合法申請設置，可維持原來的使用；但若屬於區域計畫實施後的非合法建築物或設施等違建，並不會就地合法，仍會依法進行查處。另針對土地因為劃設國土功能分區，導致劃設前屬合法可建築用地，被劃為國土保育地區的非可建築用地，不能再開發建築的部分，將設置「國土永續發展基金」，給予適當補償。 內政部指出，「國土計畫法」授權應訂定21項子法，最重要的「國土計畫法施行細則」也將配合「國土計畫法」於今年5月1日起一併施行；至於其餘相關子法，亦將於108年全數完成。
對於涉及與人民權利義務關係密切部分，例如116年以後國土保育費隨水電附徵額度、民眾檢舉獎金制度等，將適時召開公聽會，以廣徵各界意見。 此外，內政部已著手辦理「全國國土計畫」規劃作業，預定於明(106)年3月完成規劃草案後，辦理公開展覽及公聽會等相關資訊公開與民眾參與程序；又為確保「直轄市、縣（市）國土計畫」及「國土功能分區圖」如期完成，內政部規劃自106年度起，陸續補助直轄市、縣（市）政府辦理「國土計畫」及「國土功能分區」規劃作業。 內政部強調，制定「國土計畫法」是為了因應氣候變遷，確保國土安全，保育自然環境與人文資產，促進資源與產業合理配置，強化國土整合管理機制，並復育環境敏感與國土破壞地區，追求國土永續發展。未來不論「全國國土計畫」、「直轄市、縣（市）國土計畫」或相關子法，將依規劃期程推動，並將相關資訊公布於內政部營建署首頁（http://www.cpami.gov.tw）「快捷服務」項下的「國土計畫法專區」，歡迎社會各界上網暸解提供建議意見，並給予適當監督。