針對「沖之鳥礁」事件，繼馬英九總統抗議日本政府違法擴權之後，立法院朝野為了捍衛國格尊嚴，也在29日院會通過譴責聲明。
聲明指出，對日本對中華民國漁民上銬脫衣檢查並強索保證金的霸凌行徑，不僅是侵害人權也違反海洋公約公海自由，更對台日友好關係造成傷害，為此，立法院表達強烈譴責；聲明更指出，根據「聯合國海洋法公約」的規定，沖之鳥礁確實是礁而非島，日方無權主張200海里經濟海域。立法院長蘇嘉全宣讀聲明內容：『(原音)本院表達嚴重譴責及抗議。日本政府於公海上多次強扣我漁船危害我人權、漁權及公海權益，嚴重影響雙方關係之正面發展，爰要求外交部應即向日本政府表達抗議，強力交涉，確保未來不再發生類此事件，以捍衛我國漁民生命財產安全，維護國格尊嚴。』
國民黨團書記長林德福表示，朝野對這起事件感到非常憤怒，而為了維護漁權與主權，立法院必須嚴正提出抗議。林德福說：『(原音)因為它只有個9平方公尺，也沒有淡水也沒有住人，都不是，那憑什麼把我們漁民抓過去，且要我們漁民交170萬，這不能形成慣例，所以朝野一定要表達強烈譴責跟抗議立場。』
民進黨團總召柯建銘則表示，民進黨跟國民黨採取一致的抗議立場，但也認為未來應該進一步檢討台日漁業協定、強化雙邊協商關係，才是完整的因應措施。