歷任海巡署長多為檢警背景,第一任署長姚高橋,任職期間為民國89年1月到5月,姚高橋畢業於中央警察大學,曾任警大校長、警政署長等職。
第二任署長為王郡,警大畢業,曾任警政署副署長等職,任職期間到93年5月19日。
第三任署長為許惠祐,曾任法官,是首任司法官任海巡署長,任職期間從93年5月20日到95年1月24日。
第四任海巡署長為王進旺,警大38期、台北大學犯罪研究所碩士畢業,曾任警政署長、國家安全局副局長,任職時間從95年1月25日到103年12月7日。
第五任署長為王崇儀,曾任台灣高等法院檢察署主任檢察官,任職時間從103年12月8日至今。