針對台灣漁船在日本沖之鳥礁附近被扣押一事，馬英九總統27日中午邀集副總統吳敦義、行政院長張善政和相關部會首長召開國安高層會議。
張善政下午出席科技部活動後表示，政府已指示海巡署展開護漁行動，不過，從台灣到沖之鳥礁大概有800多海哩，海巡署的船過去要航行3天，回來也要3天，加上農委會有另外一艘船也會加入，所以事前要有些準備，並規劃要停留多久，希望這個週末之內可以啟航。他說：『(原音)我們是說如果有可能的話，週末有沒有可能啟航。(記者：預計在那邊停留多久。)這就要等他們規劃，開那麼久不會是只去1、2天，所以沒有辦法講幾號去、停留多久，但希望這個週末之內可以啟航。』
張善政表示，政府挺漁民挺到底，而且這次爭取的權益不只是為台灣的漁民，那裡是公海，所有國家漁船都可以在那裡捕魚，台灣不是小鼻子小眼睛只為台灣漁船爭取，而是捍衛所有國家的權利。
對於這次強硬作風是否會影響台日關係，張善政表示，我們必須在有尊嚴的情況下聯日，不能放棄我們國家的尊嚴，當其他國家對我們漁民有不合理、甚至是霸凌行為時，國家尊嚴是不能被妥協跟糟蹋，這件事情不能就這樣吞下去。