針對我國籍漁船「東聖吉16號」25日在「沖之鳥」東南東方約150浬海域遭日方公務船登檢及扣捕一事，國民黨主席洪秀柱27日受訪時表示，沖之鳥是礁、而非島，日本怎麼可以以9平方公尺、偶爾才露出海面的礁來劃設經濟海域，這非常不講理。國民黨執政一向堅持「主權不退讓、漁權大進步」，因此，政府對日本提出強烈的抗議，要求日本返回人員及漁船，她也批評日本不該以近乎勒索的方式要求船東繳保證金。
洪秀柱並批評民進黨遇到事情有兩套標準，「逢中必反、逢日必軟」。她說：『(原音)所以我覺得事情是對人最好的考驗，我們相信民進黨，不管對於同樣的…就是不一樣的事情同樣的態度，否則有兩套標準，為什麼逢中就必反，就強硬，逢日必軟，這是很奇怪的一件事情。』
此外，對於永社、台灣教授協會等團體告發馬英九總統涉及大巨蛋圖利、黃世銘洩密案及財產來源不明等案，同時聲請限制馬總統出境，洪秀柱表示，她不清楚詳細內容，但希望就事論事並提出事證，不要因為政治意識就誣告或做不恰當的行為。