馬總統表示，日本「沖之鳥礁」的兩個小礁合計約9平方公尺（約兩張標準尺寸桌球桌大小），能否符合「聯合國海洋法公約」（UNCLOS）第121條「適於人居且有本身經濟生活」島嶼定義，進而主張享200海里專屬經濟海域，在國際間存有極大爭議。
總統府表示，日本公務船在西太平洋沖之鳥礁附近公海海域扣押中華民國籍漁船「東聖吉16號」，馬總統下午於總統府內召開國安高層會議，邀副總統吳敦義、行政院長張善政、國家安全會議秘書長高華柱與外交部、行政院海岸巡防署等相關部會首長，共同研商因應策略。
馬總統說，中華民國一向主張這件事應由當事各方依國際法協商，或尋求國際相關組織協助和平解決。在聯合國「大陸礁層界限委員會」（CLCS）對沖之鳥礁爭議未解，法律地位未定前，日本應尊重台灣及其他國家在這個海域航行及魚捕等權益，「我國無法接受日方在該爭議海域扣捕我國漁船的行為」。
馬總統在會中裁示，要求外交部立即向日本政府表達政府嚴正立場並積極交涉，要求日方儘速釋放人船，並就這項問題展開協商。