「每日新聞」報導，因牆壁或天花板等耐震性不足而發生校舍受損的學校至少有351校，充當避難處所的學校也很多。至24日，距離強震發生已經過10天，受災嚴重的自治體對於何時能復課仍遙遙無期，對孩子們的影響令人憂心。
熊本縣和熊本市教育委員會等指出，截至22日，停課學校當中，國公立小學有224校、中學102校、高中38校，特教學校13校以及私立中學、高中27校，相當於縣內國公私立655校的6成。
根據去年度的學生人數推估，公立小學生約7萬4000人、中學生約3萬6000人、高中生約2萬3000人、特教學校約1300人以及私立學校約1萬7000人受影響。