熊本城建於1607年，由被譽為「築城名手」的武將加藤清正所建。城內有13處被列為國家級重要文化的建築物，長牆、東十八間櫓等5處因地震倒塌。
包括城內最古老的宇土櫓在內，其他8處也發現有龜裂或塗漆剝落。以越高處越陡峭聞名的拒敵石牆也多處崩塌，熊本城綜合事務所負責人表示「由於餘震，沒辦法展開詳細調查」。
隨著外國遊客增多，上年度熊本城參觀人數達到約177萬人次，但目前禁止入內。日本建築史專家、熊本大學教授伊藤龍一指出：「這是保留著400年前建築樣貌的珍貴文物，修復工作不可或缺。即使從觀光角度考慮，行政單位也應該儘早迅速應對。」
熊本藩主細川家族菩提寺遺址，位在中央區的立田自然公園與北岡自然公園，也有100多個石燈籠與墓石傾倒，江戶時代初期建設的「唐門」完全被毀。有鑑於可能因餘震倒塌，目前沒有進行修復的預期。
在熊本縣大津町的江藤家族住宅，是自江戶時代保留至今的地主豪宅中，被指定為國家級重要文物的建築物，大多在16日淩晨的熊本地震主震中毀損嚴重。
76歲第11代主人江藤武紀及其家人原本還住在這棟屋內，不過地震造成1830年建造的主屋2樓一角坍塌，使得睡在1樓的江藤不得不在外避難。
江藤說：「我們與當地一起守護著（這座住宅）已歷經好幾代，因此抱有責任與難捨之情。雖然知道很難，但還是想修復好，然後再搬進去住。」
調查受損情況的一級建築師表示：「有人居住的重要文物在全國不多見。從活用文物的角度出發，我也想提供支援。」
阿蘇市著名景點阿蘇神社，1850年竣工的「樓門」坍塌，社內最古老的「一之神殿」大幅傾斜。事務官佐伯紀行表示：「這是歷史悠久、一直受當地民眾支持的神社。雖然不知道還要多長時間，但希望一定要重新修建起來。」
另一方面，阪神大地震和東日本大地震中出現私人擁有的古建築文物廢棄的問題。熊本博物館認為此次地震「可能導致失去珍貴歷史遺產，災後重建的根基永遠受損」，因此要求保護古文獻和農具等文物。