台南市104年度總預算執行結果，歲入決算數709億9,200萬3,633元，達預算數100.25%，歲出決算數695億3,437萬7,827元，達預算數90.79%，歲入歲出賸餘14億5,762萬5,806元。這是原臺南縣市自88下半年及89年度適用修正預算法以來至縣市合併後，第一次產生歲入歲出由短絀轉為賸餘。
市府主計處表示，104年度歲入歲出賸餘14億5,762萬5,806元，主要是歲入部分稅課收入超收15億餘元、罰款及賠償收入超收3.53億餘元；歲出部分債務付息採公開詢價等方式致節餘5.15億餘元、優惠存款差額利息節餘約12.55億餘元、災害準備金依實際需要動支致節餘3.67億餘元、補(捐)助或委辦計畫經費節餘10億餘元、營繕工程節餘4.2億餘元、實際進用員額較少人事費節餘13.6億餘元、收支併列預算收入未達而減支4.47億餘元、各項業務撙節支出4.1億餘元等所致。
主計處指出，南市99年12月25日改制升格，由於攸關未來發展的「財政收支劃分法」，仍未經立法院三讀通過，始終面臨著歲入自有財源不足、自有財源比率偏低、基本財政結構狀況不佳且有巨額負債必須償還的嚴峻挑戰。但在市府採取「撙節優先•開源並濟」的財政策略，主動刪減經常門支出、不必要的計畫以及活動經費等，移緩濟急，將撙節之經費優先用在市民迫切需要之用途，讓市政順利推動，各項計畫亦多能確實依照法定預算執行。
近5年來，總決算歲入歲出差短決算數由99年度之67.56億元、100年度59.58億元、101年度49.67億元、102年度44.29億元至103年度19.39億元，呈現逐年縮短之趨勢，104年度歲入歲出執行結果，更是產生14.58億元之決算賸餘。