中研院評議會16日經過將近7小時冗長的會議，選出3名院長候選人，會後本該保密的名單外流，李遠哲一度批評「評議員去跳海算了。」後來又有媒體指李遠哲在會中提案修改投票方式，改以順位給分。
李遠哲今天出席「富邦全球化講堂」活動，會間被媒體追問是否提案修改遊戲規則，並質疑是為了架空馬總統的圈選權力。
對此，李源哲解釋，當時是有數位院士提案，他發言建議，程序已經過遴選委員會到評議會，如果要更改規則，應再退回、召開臨時遴選委員會。
他並解釋，院士建議改序位投票，是著眼於投票原理。評議會要選出3名人選，並有順位送交總統府，就不該是「最多圈選三位」，這樣有人選一位，有人選三位，就原理來說是不對的。
李遠哲進一步以院士選舉為例，如果可以選10人，最多圈選10位就是對的；但院長是只能有一個，3人選要有優先順序，就不該最多圈選3人，而應是每個人投票時，都能表現出自己心中的一、二、三順位。
至於外界質疑選舉結果本該密封送總統府，李遠哲說，「沒有這回事」，他當選院長時就知道自己得到42票，第二高是22票，票數在評議會當場就會讓與會成員知道。