李遠哲今天出席在台灣大學舉辦的「富邦全球化講堂」時表示，過去一陣子一直建議翁啟惠應該回台灣把事情交代清楚；但若未來翁啟惠遭到檢調調查，光是調查就要好幾個月，而且期間媒體天天追蹤，對中研院的形象造成影響，這時「辭職是好事」。
針對中研院長遴選過程，李遠哲也說，遴選委員在遴選過程中並無偏袒，若香港城市大學校長、同時也名列候選人的郭位認為媒體報導對他不利，可以在徵詢意願時就退出，外界可以理解，但郭位是因為選後不是票選第一才退出。
李遠哲指出，過去在遴選委員會投票過後就知道票數，這並不是特例，但中研院應該針對遴選過程消息不斷外洩，展開追究；中研院把很多院內才公開的事對外界透露，這是不對的。