工作人員將使用專用的千斤頂把6節車廂從1號車開始依次重新放入軌道。由於相關作業用時較長，且新幹線設備也出現約100處損傷，何時恢復運行尚無眉目。
JR九州此前已通過起重機將防止6節車廂翻倒的器材搬運至脫軌現場的高架上。參與撤除作業的包括前來支援的JR西日本及JR東海的工作人員在內共有約50人。
JR九州表示：「不確定能否在18日內將1節車廂放入軌道。」
新幹線設備中用於固定鐵軌的螺栓及混凝土製枕木因脫軌出現約300米的損壞。新玉名至新八代間有約50處隔音板掉落，高架橋柱子出現約25處裂紋。在新八代站，約20根支撐站台的柱子折斷。
自14日晚的地震造成九州新幹線掉頭空駛列車脫軌後，該線路一直處于停運狀態。