漁業署表示，，我漁船如需無害通過菲國領海，須依該國規定懸掛我國國旗，並妥善收藏漁具，漁船需持續不停、迅速前進，以免觸犯該國法令，遭該國認定盜捕而扣押。
該署進一步說明，菲國因配合歐盟打擊非法、未報告及不受規範(IUU)捕魚行為之行動，修訂新版漁業法，並已於去(104)年3月正式開始實施；新法大幅提高IUU捕魚行為的裁罰額度，其中盜漁的規定是延續過去的定義，但行政罰罰鍰從舊法5萬美元至20萬美元，提高到60萬美元至100萬美元，如果進入司法程序且被判有罪，罰金高達120萬美元，倘在菲國內水被捕，另處6個月又1天到2年又2個月有期徒刑，累犯將處3年有期徒刑，併科240萬美元罰金。 漁業署補充說明，臺灣與菲律賓相鄰，各自主張之專屬經濟水域重疊，惟重疊水域並不包括雙方各自島嶼12浬範圍內之領海，政府秉持「護漁不護短」原則，請我漁民切勿進入菲國領海作業，對於違規越界捕魚的船隻，漁業署也將依法處罰，請漁民朋友應確實遵守作業規範。