浩鼎案爆發後，立法院本排定3月31日邀請中研院作業務報告，翁啟惠當時人在美國，致電總統馬英九請辭，但馬總統不同意，希望他回國說明。
事隔多日，翁啟惠今天到立法院備詢，民主進步黨立委吳思瑤問及，現在還要辭職嗎？翁啟惠回答，「當時心情是要辭職，現在我回來要誠實以對」。
吳思瑤追問，「會堅守崗位至最後一分鐘？」翁啟惠簡短地回答，「對。」
吳思瑤隨後質詢形容翁啟惠在浩鼎案的表現是「又傻又天真」，很多人說是無知，但不是無良，且沒有非常嚴重的犯意。但她仍認為需深刻檢討危機處理，以及在解盲前代女兒賣股票的錯誤。對此翁啟惠向各界道歉，吳思瑤追問是否願承諾不再為女兒買賣股票？翁啟惠點頭。
民進黨立委許智傑質詢時，評論翁啟惠是「科學高材生，生活的低能兒」，對於一些小細節不是那麼在意，掀起軒然大波。他並希望有心人士不要找到一些「碰巧」和「小瑕疵」就無限上綱。
對於「低能兒」的批評，翁啟惠解釋自己不是低能，而是像多數沉迷科學研究的人一樣，生活起居都不太正常，「藝術家也是，科學家也是。」投入一個行業後容易忘我，非常投入後就會不正常。
許智傑希望翁啟惠不要辭中研院院長，翁啟惠承諾會堅持到底。