日本九州熊本縣16日凌晨1時25分（台灣時間0時25分）觀測到芮氏規模7.3強震，強震發生後，傳出有多棟民宅倒塌，並造成3名民眾死亡、逾4百人受傷。
據日本氣象廳表示，凌晨1時25分這起芮氏規模7.3強震，震源深度12公里，熊本縣的阿蘇和熊本觀測到最大震度6強。凌晨3時55分，九州的熊本縣阿蘇地方觀測到芮氏規模5.8、最大震度6強的強震，震源深度10公里。
凌晨強震發生後，傳出有民眾死亡、多人受傷，多棟建築物倒塌。觀測到震度6強的熊本縣宇土市市公所，鋼筋水泥建築物整棟有可能崩塌。
氣象廳原本針對有明海、八代海的沿海發出注意海嘯警報，預估海嘯高度約1公尺。不過後來沒觀測到海嘯，於2時14分左右解除海嘯警報。