熊本縣熊本地方從14日晚上9時26分（台灣時間8時26分），觀測到芮氏規模6.5地震，深度11公里，屬淺層地震。熊本縣益城町觀測到震度7。已知有9人死亡、上千人受傷。日本氣象廳將這場地震命名為「平成28年熊本地震」。
地震發生後，餘震不斷。15日晚間11時17分左右，熊本縣熊本地方又觀測到餘震，震度4。
日本氣象廳地震預知情報課長橋本徹夫今天召開記者會公布15日下午4時起的3天之內發生餘震的機率。
他說，推估發生芮氏規模6.0以上、震度6弱程度的餘震機率是20%、發生芮氏規模5.5以上、震度5強以上程度的地震機率是40%。
截至15日晚上10時，震度1以上的餘震觀測約150次，震度4以上的次數22次。震度6強、6弱的餘震各1次、震度5弱的次數2次。最大一波餘震是15日凌晨0時3分，熊本縣宇城市觀測到震度6強。這場地震屬內陸地區淺層地震，所以有餘震多的傾向。
日本氣象廳表示，在阪神大震災發生的1995年以後，在內陸或沿海地區發生的大型地震當中，主震發生後約12小時內所發生的餘震次數，這次熊本地震是第3多，次數超過1995年的阪神大震災。餘震次數次於最多的2004年的新潟中越地震、次多的2008年的岩手宮城內陸地震。
日本氣象廳呼籲災區民眾，今後1週可能出現激烈搖晃的餘震，千萬別靠近傾毀的建築物等危險地方。
氣象廳預估熊本縣災區16日傍晚起將下雨。17日可能局部地區會出現打雷、下大雨的情況。因此，日本氣象廳呼籲民眾，在益城町等受到地震強烈搖晃過的地區，可能地盤鬆動，必須提防土石崩落的災害。