蔡英文今天下午公布新人事，總統府秘書長將由李登輝時代的總統府與國安會副秘書長林碧炤接任，民進黨秘書長吳釗燮接任國安會秘書長。
這份名單中爆出黑馬林碧炤，蔡英文介紹早在九0年代林碧炤就在總統府、國安會服務，歷經兩岸關係由對抗到對話，台灣從民主到威權，誇林碧炤學養俱佳，長期研究國際政治，是優秀學者，還有參與決策實務經驗，未來希望憑藉他的經驗，繼續協助總統府團隊。
林碧炤是英國威爾斯大學博士，曾任政大副校長，現任政大外交系教授，但外界提到他時，經常與「兩國論」有關，據媒體報導，前台聯黨主席黃昆輝曾在書中表示，1998年，李總統任期只剩一半之際，心中緊迫感愈發強烈，於是1998年成立「強化中華民國主權國家地位」小組，由鑽研國際法、擁有雙料博士頭銜的蔡英文領軍。她召集多位極為年輕的法政學者參與研究，並由當時的國安會2位諮詢委員張榮豐、陳必照與總統府副秘書長林碧炤擔任小組顧問。
這份研究報告於1999年5月初步完成，並呈送李登輝核示。這份報告在一開始的前言部分，即明確定位兩岸至少應為「特殊國與國關係」。
據熟悉林碧炤的學者表示，他是國際關係與國安方面的專家，輩份很高，但做人很謙和很客氣，由於蔡英文本身曾擔任過陸委會主委，再找來研究兩岸政策的林碧炤擔任幕僚長，似乎這項人事安排應不僅僅是熟悉總統府事務，也可能與新政府兩岸論述有關。