特赦扁議題近日再浮上檯面，準法務部長邱太三今（14）上午接受電台訪問時，被問到是否討論過特赦扁議題？邱太三回應「沒有」，並說蔡英文也沒任何指示。他認為，扁案有法律面和政治面考量，政治面要持續蒐集各方意見，法律面要理解，過去特赦的形態、理由、和程序。
他表示，做為幕僚主管機關，要先把法律層面處理，例如有些走法律程序就可以，申請再審或非常上訴，若能循法律程序解決就用法律程序，若用法律程度無法解決再去做特別考量。
至於高雄市長陳菊高呼特赦扁，是否造成邱壓力？邱坦然說「從來沒感覺這是壓力」，他一定會告訴他們，要達到他們想期待的目標，可以走法律救濟程序。
邱太三也被問到死刑問題，他說，支持死刑、支持廢死，共通的信念就是尊重人生命，雙方應該不斷溝通，不要對個案情緒發言。像是各國在處理這問題也有很多爭論，主管機關應把各界擔憂、堅持的配套進行整理。
他說「我基本上是無神論者」， 至於任內會不會簽死刑「目前沒辦法回答」。他說，死刑有全面審查與救濟程序，要走完那些程序，走完再來了解實際狀況為何。