碑文中指出，彭佳嶼是距離中華民國領土釣魚台列嶼最近的台灣屬島，與棉花嶼、花瓶嶼同稱台灣北方三島，此四島同在東海大陸礁層之上，在地質上亦與北台灣的大屯山、觀音山一脈相承。中國人最早發現、命名並使用釣魚台列嶼。
中日甲午戰爭時，清廷戰敗，釣魚台列嶼隨台灣、澎湖割讓予日本。50年後對日抗戰勝利，釣魚台列嶼應隨但未隨台灣歸還中華民國。
碑文中並寫到，釣魚台緊張情勢在2012年急遽升高，我國於8月5日提出「東海和平倡議」，呼籲各方擱置爭議，共同開發，隔年4月10日，「台日漁業協議」在談判17年後終於簽訂，兩國漁船均可在釣魚台列嶼附近7萬多平方公里的優質漁場自由作業，雙方40年漁業爭議得以解決，獲致「主權不讓步，漁權大進步」的成果。由於爭議不再，漁獲倍增，台灣漁民感念在心，「台日漁業協議」更加受到國際社會高度肯定。
在2005年，前總統陳水扁任內就曾在島上的機動巡邏站外建立「海疆屏障」碑，這次馬總統揭牌的「和平東海，國疆永固」紀念碑則位在彭佳嶼東側制高點，面向東海。