但外交部指出，民眾若在國外發生通關困難，甚至被拒絕入境並遭遣返，外交部做為涉外事務主管機關，非常不樂見這種情況發生，因此未來將繼續基於權責提醒民眾，以維護民眾出國旅遊權益。
另一方面，有媒體報導指出，外交部在立院外交委員會審查期間「立場軟弱」，外交部回應表示，相關官員答詢時，曾向不同立委一再強調「護照不應做為國人表達政治理念或思想自由之器具」。
還有媒體報導指出，駐美代表沈呂巡說「台灣國」貼紙恐涉及訊息造假，影響護照真實性，不利免簽證計畫，因此當有立委認為沈呂巡的說法「不宜」時，外交部領務局長龔中誠回應表示沈呂巡是「政治任命」。外交部對此澄清表示，龔中誠的完整說法是「沈呂巡是政治任命的特任官，在此方面有其專業及政治判斷，外交部尊重其判斷。」