草案規定，在談判前的階段，陸委會與協議權責單位，須進行蒐集輿情、舉辦公聽會並與利害關係人溝通的步驟，據此擬定「談判計劃」，並須向立法院相關委員會報告備詢。
在談判中，一旦與對岸達成初步共識，行政部門要向立法院相關委員會報告並備詢。同時，行政院須向立法院提出協議草案，經立院同意後，才得進行協議簽署，或依立法院決議後的修正意見繼續談判。
協議簽訂之後，「協議草案之審查，應於90日內完成，逾期未完成，應由院會議決」。
這般設計的審查流程，連民進黨內段宜康委員都自認「如此嚴格的監督機制舉世罕見」，郭正亮教授也質疑其可操作性。
談判前要擬定談判策略是天經地義的事，這個策略應該是國家機密，以兩岸問題的重要性等級觀之，應該是頭等機密大事，但要向立院相關委員會報告備詢，難道不怕「機事不密則害成」嗎？是否報告備詢的內容對談判策略有約束性？如果沒有，不是多此一舉，徒增洩密風險嗎？如果有，委員們七嘴八舌，應該聽誰的？就算表決出一個意見，若是與原本的談判策略不同，該聽誰的？聽立法院的，就是立法院等於把行政院當成了下屬機關，違背憲政體制的行政立法兩權之間應彼此獨立各負權責的意旨。同時，若是依照立法院的意見執行，結果談判觸礁，產生不良後果，請問誰負責任？豈不是進一步破壞憲政體制中該有的責任政治的原理原則嗎？
說到進入到談判中，一旦達成共識要向立院報告備詢的意旨來看，似乎在達到共識之前，每遇轉折，都必須先向立院報告備詢獲得同意後，才能繼續進行。請問，有國家這麼對外談判的嗎？在此機制中，是對手和我們產生共識的機率大，還是談崩的可能性高？就算有了共識，從共識到協議草案又有一段路程，每有更動肯定必須報告備詢。請問，那個國家這麼好耐性伺候我們？我們的立法院不但把行政院當成了自己的「行政委員會」或「立法院行政總署」，還妄想以此為支點管到談判對手，處處以我為尊，可能嗎？
依照本草案的設計，協議的簽訂是立院事前點頭同意的，自己事前都同意的協議還要卡90天，最後「由院會議決」。是嫌立法委員沒事做嗎？還是為他們爭取加開臨時會賺取津貼外快的機會？這樣的政府能有效率嗎？不是徒遺人笑柄嗎？
本草案的談判監督機制是否對所有的對外談判都適用？如果是，美國吃我們這一套嗎？如果不是，那麼針對性就既明顯且強烈，難怪人家會覺得是惡意，而且是超級惡意。據媒體報導，該版草案「還設有嚴格的追究機制」，若真如此，追究的標準如何訂定，怎麼追究，追究到誰？恐怕都會引起各方熱議，最終比較可能是竹籃打水，一場空。
有一點是令人大大想不通的。下屆政府是民進黨政府，民進黨占多數的立法院卻要提出超級龜毛難搞的「兩岸協議監督條例」，勢必令行政部門綁手綁腳，動輒得咎。由於兩岸關係牽動台灣內部所有的重要事務與發展，誰能抓住兩岸關係的主導權，誰就抓住了治理台灣的一大部份權力。這份草案處處留露出抓權奪權的企圖，究竟是對黨內還對島外啊？會不會是醉翁之意不在酒，聲東擊西？會不會出現民進黨版的立院龍頭與總統之爭啊？真有些令人霧裡看花的感覺！
【圖片為資料照】