壹週刊報導，雖然翁啟惠的任期到今年10月，但下屆院長遴選作業早已展開，訂於4月16日由中研院70名評議員進行投票，從6位被推薦人中選出3人，再由總統挑選其中1人接任院長；包括現任副院長王汎森、香港城市大學校長郭位等人，都被點名是可能人選。
黃國昌今天表示，中研院不管是院士、院長選拔，內部都有相當嚴謹的過程，選出來的人選在學術上的表現，都是大家有目共睹。至於中研院長有沒有能力、條件進一步領導中研院，發揮在國家研究上應該扮演的角色，還是尊重中研院院長遴選委員會的決定。
黃國昌說，政治方面的考慮，只有在人選出來以後，要給總統圈選的過程中才會發生，他說，遴選委員會遴選出來的結果，也要尊重總統當選人蔡英文的人事任命權。
黃國昌表示，王汎森曾經代理過法律所所長，雖兩人不能說是熟悉，但曾是他的長官，相信能被提為候選人的，一定在學術上有一定成就。
中國國民黨立法院黨團首席副書記長江啟臣則表示，目前沒有得到進一步消息，對於翁啟惠要不要回國也不是非常確定。他認為應該等翁啟惠對近期事件發展說明清楚後，以及釐清如果翁啟惠若不回國在法律上有沒有相關責任，再來界定翁啟惠的職務是不是能夠繼續。