環保署從104年5月1日起開徵水污費，對象為畜牧業以外之事業及工業區專用污水下水道系統，約有5500家。但由於開徵水污費後遇到執行申報、審查、查核等作業問題，環保署這個月1日預告修正「水污染防治費收費辦法」。
環保署指出，這次修正重點包含增訂燃煤電廠海水排煙脫硫廢水水污費計收方式，並明定其費額計算方式及應提報審查文件等相關規定。環保署解釋，目前燃煤電廠是用一般水質計算，導致金額波動太大，未來改用硫氧濃度計算，可以更準確徵收水污費。
除此之外，還有增訂以海洋放流管線排放廢（污）水於海洋之水質優惠費額計算方式；增訂排放水質得以主管機關查核檢測最大值計算的規定，並修正部分有害健康物質申報值與查核檢測值之差異百分比；增列得依足以佐證之資料申報排放水量及運作日數之相關規定。
刪除需以網路傳輸申報書及繳款單檔案之規定。另增訂餐飲業、觀光旅館（飯店）業產生的單純泡湯廢水，如與其他作業廢水分流收集，並經毛髮過濾設施及懸浮固體過濾設施處理後排放之廢水量，以及新設事業於主管機關核准試車期間所排放之廢（污）水量，均無需繳納該部分水污費。
環保署指出，相關的增修條文，從105年7月1日起實施。