美國貿易代表署(USTR) 3月31日公布2016年各國貿易障礙評估報告，列出外國政府對美出口造成顯著影響的貿易障礙，以及美國為提升出口、捍衛就業機會所作的努力與成果。
針對台灣部分，首次關切我國含基改原料食品強制標示規定，以及禁止校園提供含基改食品膳食。報告稱台灣立法要求基改食材、食品退出校園，一旦生效將顯著衝擊美國黃豆出口。
對於未來美國是否可能在經貿談判中加入基改黃豆項目，經濟部經貿談判代表簡志宇1日受訪表示，美方會做評估。他說：『(原音)我只能說他們關切的議題，他們會去評估，覺得適當的話，還是會提出來。』
這份報告也再次點名美國牛肉及豬肉進口，呼籲台灣，基於科學證據開放美國牛肉產品，並訂定美豬萊克多巴胺殘留容許量標準。
報告關切項目還包括我國的化妝品衛生管理條例修正草案，稻米採購機制及蒸餾酒(米酒)課稅、著作權法修法、網路盜版、非法影印教科書等侵權議題、還有藥品及醫療器材健保核價等。
簡志宇表示，這些議題多包含在台美貿易暨投資架構協定(TIFA)，未來將持續運用TIFA架構等各種管道與美方充分溝通，不過TIFA會議何時召開，雙方還沒討論。