翁啟惠2006年接任中研院長，任期即至今年10月，不過卻在卸任前爆發浩鼎炒股風暴，翁30日傍晚以健康因素向馬總統請辭，不過未獲准，翁遲遲未返台說明浩鼎爭議，現在再度爆出翁在中研院帶頭自肥、結黨營私，甚至還有一派「翁系人馬」，坐享高薪，排擠年輕人升遷機會。 據《中國時報》報導，中研院退休研究員李信徹指出，翁任院長期間修改不少內規，研究員及行政主管的法定退休年齡是65歲，特聘研究員就可延長到70歲，假使有獲全球性學術殊榮者，如諾貝爾等級的獎項，更不受年齡限制，聘期由院長提請院務會議決定，形同「終身聘僱」制度。 李信徹更踢爆，74歲的中研院生物多樣性中心主任李文雄，當了9年主任，今年已是第3任，是全國唯一「國內14職等事務官年紀最大紀錄」，月領40萬，領的是人民的納稅錢，該職位也不是非他不可，但他與翁關係密切，翁給予他特權，排擠年輕人升等機會。知情人士爆料，李文雄與翁合作國科會生質能源國家型計畫，補助金高達3億多元，沒有具體成果，卻買很多貴重儀器，過去曾被監察院糾正，完全是酬庸自肥、結黨營私。 李信徹透露，許多研究員認為翁啟惠是生意人，而不是科學家，即便他一手策畫的南港生技園區建案，也是為浩鼎量身訂做，痛批翁利用國家公器、私相授受，把中研院當成他在台灣打造生技國王的私藏。 對於被控是「翁系人馬」，李文雄澄清，根本是無稽之談，並強調自己完全遵照中研院人事法令，第3年任期到今年底，他也曾跟翁說過只要有人來接班，就退下，而生質能源國家型計畫早已結案，有申請一些專利及開發，不是完全沒成果。