台灣醫界聯盟基金會董事長吳樹民表示，馬政府上任後很多前朝官員都遭到司法追殺，雖然被追殺者大部分都被判無罪，但馬政府8年來利用司法手段迫害前朝官員已是不可否認的事實，他指出，現在是馬總統做件好事時候了，應在卸任前特赦陳水扁。吳樹民：『(原音) 現在是一個好時機，做一個總統他的支持度只有9%，至少他可以做的事，是做一件好事，在離開前可讓人民覺得他至少做了一件好事情。』
台灣醫界聯盟成員、前羅東聖母醫院院長陳永興表示，高雄長庚醫院榮譽副院長陳順勝日前媒體投書就指出，若蔡英文總統的就職典禮時，李登輝、陳水扁、馬英九等台灣總統能共聚一堂，將是歷史性的一刻，是很美的畫面。
陳永興說，為了台灣未來能和諧發展，馬總統與蔡英文會面時，兩人應該坦承討論轉型正義問題，而特赦陳水扁就是當中的重要議題，若馬總統不做，蔡英文應義不容辭。陳永興：『(原音)馬英九總統做，我想對台灣是一件最好的事情，將可開啟良性的台灣未來和諧發展的基礎，也是轉型正義比較容易成功的開端，但是馬英九總統不做，我想蔡英文總統就義不容辭，她必須完成這個歷史性的責任及任務。』
陳永興說，雖然陳水扁已經保外就醫，但其心靈的自由與精神的健康也很重要，陳水扁現在沒有辦法得到百分之百的自由，也沒有辦法得到卸任總統應有的尊嚴，這對他是很大的傷害，只有特赦才能夠真正還給陳水扁身心靈的健康。