根據自由時報報導，指海基會董事長林中森近期正在籌組「中華民族發展基金會」，有可能是在建構一個新的「買辦集團」，未來和新政府對作。林中森25日受訪時對此回應表示，基金會是企業界的友人在籌組，目標是促進中華民族的發展，一切都將依法運作，林中森說：『(原音)這個基金會在運作的時候也會依法來推動業務，也要受主管機關的監督，絕對不可能像某部分媒體提到說這個會跟政府對作，這引起很大誤解，我想不要被誤導，也不要錯誤解讀。』
林中森指出，未來是否擔任該基金會的董事長，要看所有捐助人的意見，若他卸任海基會職務後仍需要他出來服務的話，他願意從事公益性質的活動，因為中華民族的發展，只要是華裔子孫就人人有責。
自由時報的報導還提到林中森4月赴陸參訪的行程，將花費海基會60%的出國旅費，甚至挪用服務民眾的預算，海基會副董事長周繼祥受訪時直說「不可能」，林中森回應時也指出「一定會撙節開支」；此外，該報導還指陸方暗示林中森不要訪陸，林中森則強調事實並非如此，他說：『(原音)你有沒有看到(海協會)陳德銘會長在博鰲公開已經說明，他很期待我們再見個面。』
據指出，林中森4月赴陸行程的重點，是出席在廈門舉行的工業博覽會暨海峽兩岸機械電子商品交易會(工博會)，並安排與陳德銘見面；不過，林中森表示，因為邀約單位很多，行程還在協商溝通，所以無論訪問天數、參訪地點以及所需經費等細節，目前都尚未確定。