交通部高速公路局為分散車流，清明連假前一週的週休假日，實施差別費率，26日、27日國道全線通行費打8折。
4月2日至5日清明連假，前一日深夜11時至當天清晨5時，國道全線暫停收費；收費時段採單一費率，並取消每天20公里優惠里程及長途折扣，各車種不論行駛長度，收費單價都是每公里計算，小型車新台幣0.9元、大型車1.12元、聯結車1.35元。
另連假期間，除暫停收費時段外，國3「新竹系統至燕巢系統」再依單一費率8折收費。
而國道5號是唯一清明連假實施入口高乘載管制的國道，南下方向是4月2日、3日，上午7時至中午12時，國5南港系統、石碇、坪林，各交流道之南下入口匝道。
北上方向是4月4日、5日下午3時至晚上8時，國5蘇澳、羅東、宜蘭及頭城，各交流道北上入口匝道。
清明假期其他國道管制措施，還有入口匝道封閉、開放路肩。