該局舉例說明，甲獨資商號辦理104年度營利事業所得額800萬元，全年應納稅額為136萬(800萬元×17%)，該商號應納之結算稅額為全年應納稅額之半數為68萬元(136萬×1/2)減除該商號尚未抵繳之扣繳稅額1萬元，即該商號應繳納67萬元後再辦理104年度營利事業所得稅申報。另應將營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額732萬元(800萬元－68萬元)列為該商號資本主的營利所得，申報繳納104年度綜合所得稅。
該局再次提醒，兩稅合一「部分設算扣抵制度」自104年度開始施行，營利事業105年5月辦理104年度所得稅結算申報時應適用新規定，籲請獨資、合夥之營利事業務必注意相關規定，以避免被補稅並加計利息或滯納金，影響自身權益。