漁業署指出，屏東縣琉球籍聖德財、連億興116號兩艘漁船在21日清晨，通過麻六甲海峽印尼經濟水域時，遭到印尼公務船追逐及開槍攻擊，其中聖德財漁船留有10多個彈孔，兩船人員平安，目前航往新加坡途中，預計再1天多的時間就會靠港。
至於印尼公務船為何朝我漁船射擊？印尼官方政府指控是因我漁船經過其經濟海域違法捕撈，但台灣政府根據漁船監控系統(VMS)資料判讀，我漁船當時並沒有違規，雙方說法明顯不同。漁業署表示，待漁船抵達新加坡後，將透過新加坡代表處取得完整筆錄和資料後，再和印尼政府交涉。不過，漁業署也期盼，希望兩國能夠進一步簽署漁業合作備忘錄，以保障漁民安全。漁業署副署長黃鴻燕說：『(原音)長期來說，我們希望透過兩國的漁業合作機制，從漁業合作包括執法等等，都要大範圍，兩國之間以後坐下來談。我們以前跟他們有漁業合作機制，但是以前的漁業合作機制著重在海洋捕撈，是在2005年至2009年時候，結束就沒有繼續。』
漁業署也指出，早期印尼技術無法開發自己的漁業資源，所以尋求外國合作，台灣曾經是印尼合作的主要夥伴；但印尼漁業技術成熟後，就不再需要依賴國外的協助，因此台灣和印尼的漁業合作也就終止。目前印尼較需要外國資源進駐當地，投資養殖漁業、市場開拓或是加工廠，這些都需要和印尼政府坐下來進一步協調。