立法院院會去年三讀通過行政院提出的海洋委員會組織法，明定行政院特設海洋委員會，掌理海洋總體政策、環境保護規劃等，並設海巡署、海洋保育署為次級機關，執行巡防和保育事項。
不過立法院司法及法制委員會21日邀請行政院秘書長簡太郎等人就「海洋委員會籌備情形」進行專題報告時，民進黨立委段宜康質疑，行政院版本中，海洋委員會下設立了1個三級機關「海巡署」，等於把原來的二級機關變成三級機關，根本是「糊塗大立法」。段宜康認為，海洋委員會包括整個行政部門的組織再造需要重新思考，最後委員會通過臨時提案，認為行政院並未對設立海洋委員會有妥善配套規劃，不宜自今年7月4日草率施行。
對此，行政院秘書長簡太郎表示，海洋委員會預定7月4日成立，新政府若有意見，他不便置喙。他說：『(原音)當然520換黨執政以後，新的政府有新的看法我們不便置喙。但是未來會不會修？我沒有辦法預估。』
簡太郎強調，當初因考量台灣四面環海，需跨部會統合強化海權與海洋業務，才會有成立海洋委員會的構想，他尊重委員會決議，520之後的事情就交由新政府決定。