漁業署說明，倘前述遠洋漁業條例（草案）可儘早通過立法，將可強化我國漁業法律架構及規範，另該法將以高額罰款或刑罰作為主要罰則，搭配收照、廢照及沒入漁獲、漁具、漁船等管理手段，並對累犯加重核處。倘漁船涉及非法捕魚、洗魚等重大違規，則依漁船大小提高罰款額度，最高達3,000萬元，以增加嚇阻力，再犯者罰款甚至可增加1.5倍，達4,500萬元；此外，為避免我國人以外國籍漁船從事重大違規行為，規避遠洋漁業條例（草案）之規範，將船籍移往外國，本次併同修正「投資經營非我國籍漁船管理條例」，將國際上關切之管理原則納入規範，並新增重大違規之態樣及處罰，除其處罰額度與前述國籍船相同外，並對於從事洗魚者，則處以6月以上3年以下有期徒刑，得併科新臺幣600萬元以上3,000萬元以下罰金。漁業署相信，透過這些法令的修訂，可有效遏止非法漁業活動，展現打擊非法漁業決心。
漁業署又表示，歐盟於去（2015）年10月1日將我國列為打擊「IUU漁業」不合作第三國警告名單，並建議我國採取11項行動計畫，以強化我國管理措施。為落實與歐盟合作打擊IUU漁業共識，針對歐盟建議應採行之11項行動計畫，可歸納為「法律架構」、「監測、管控及監督(Monitoring, Control and Surveillance, MCS)」、「可追溯性」及「國際合作」等4個面向。除前述修訂法令外，同時推動多項改善措施如次： 1.研訂遠洋漁業國家管控及檢查計畫（草案）：該檢查計畫將依漁業種類別之風險程度訂定監控檢查標準，以做為各項MCS措施之執行依據。 2.推動遠洋漁船裝設電子漁撈日誌（e-logbook）：強化蒐集漁船在海上作業之努力量及漁獲量等即時訊息，以強化水產品可追溯性，避免IUU漁業活動風險。 3.推動指定國內外港口轉載或卸魚措施：由於我國遠洋漁船漁獲物大都在國外港口轉載或卸魚後直接輸銷第三國，為強化我國漁獲物之查核機制，已於2015年6月11日訂定「漁船於國外卸魚或轉載應行遵守及注意事項」，公告國外指定港口計41個，經審慎評估後指定港口將由41個縮減至27個，未來將透過派遣我國漁業專員或檢查員、指定適當之第三公證單位進行港口卸魚或漁獲轉載的檢查。 4.強化水產品可追溯系統部分：推動執行漁獲及漁產品貿易(代理)商稽核，確保其採購自國內或國外漁船捕撈之漁獲物不涉及IUU行為。 5.強化國際漁業合作：推動與我國漁業關聯較高之國家(如泰國、太平洋島國等)，以進行前揭指定國外港口轉載漁獲物或卸魚檢查，我國與相關漁業合作國家漁業資訊的交換及國人投資經營外國籍漁船之船籍國合作等，以防杜IUU漁業行為。 此外，漁業署進一步說明，為實施前述相關之管理措施，行政院於2016年1月15日已核定5年期「強化國際合作打擊非法漁業計畫」，總計新臺幣23.5億元的預算予以支持。
漁業署最後說明，將爭取儘速自歐盟打擊IUU不合作黃牌名單中除名，並請漁民朋友、產業團體，務必配合該署推行之強化漁業管理政策，以健全我國漁業管理制度、維護漁船作業權益、漁業資源永續利用，使我國漁業產業得以持續在國際水產品供應鏈上扮演重要角色。