媒體報導，每年世界衛生組織（WHO）都用歐美地區的流感病毒株預估全球疫情，卻與台灣流行病毒株型別不相同，「這幾年失準率至少逾半」，導致國內不少民眾即便打了疫苗，還是全家都到醫院報到。
衛生福利部疾病管制署長郭旭崧上午舉行記者會表示，流感病毒跟其他病毒不一樣，每一年都有變化，不像其他傳染病的疫苗可能打一次就有長效抗體，但今年的流感疫苗也有7左右的保護率，雖然很希望達到100%，但不可能這樣，隨著病毒株的流傳、疫情早、晚期也會有些不同。
他說，WHO每年2月份會決定今年10月要開打的疫苗株，105年度的（2016到2017年）3價疫苗為H1N1的加利福尼亞株、H3N2的香港株（此病毒株曾造成香港500多人死亡）；B型為維多利亞株，四價疫苗的另一株B型則為山形株。
流感疫苗有沒有可能脫離WHO，亞洲或台灣自選、自做？郭旭崧說，流感疫苗病毒株都是全球一致，只分南、北半球，沒有分地區。10幾年前日本嘗試過自己選，認為不能用歐洲眼光看亞洲，但做了1、2年就放棄，因為猜測的準確度差，造成更大困擾。
疾管署每年編列約新台幣3.2億元買公費流感疫苗，以104年為例，共購買316萬3000劑流感疫苗，包括幼兒劑型23萬2000劑、成人劑型為293萬1000劑。
不過，因應本流感季中壯年感染狀況嚴重，公費流感施打擬從現行65歲以上老人放寬到50歲以上民眾。
郭旭崧說，希望今年10月要施打的疫苗能增加到500到600萬劑，前不久也找廠商開會，瞭解今年度供會情形，經費目前仍在盤點，會看疫苗基金之外還需要多少經費，再向行政院提出，看能不能動用第二預備金。
不過，他說，這兩年已經向行政院申請6次第二預備金，長遠來看，應發展防疫基金因應比較妥當。