民進黨立法院黨團成立國會改革小組全力推動正副議長中立化、設置國會頻道、委員會專業審查、單一召委等等，具律師背景的蘇巧慧也提出「立法院職權行使法部分條文修正草案」，修正重點包括強化委員會專業審查；立法院長退出黨團協商；明定黨團協商範圍；議案協商公開。
其中，草案規定，黨團協商會議，由各黨團負責人或幹部出席參加；並由最大黨團負責人主持，最大黨團負責人因故不能主持時，由最大黨團幹部主持。立法說明註明，院長或副院長不得參加黨團協商會議，蘇巧慧說，這立法意旨徹底貫徹正副議長中立化。
不過，蘇巧慧10日在立法院司法及法制委員會提案說明後，民進黨內有人解讀這是立法院長選舉的延長賽，因蘇系挺民進黨立法院黨團總召柯建銘，為柯建銘量身打造的「柯建銘條款」要架空立法院長蘇嘉全，進而引發媒體關注。
蘇巧慧為此喊冤表示，修法著眼於政黨更迭，建立可長可久的制度，民進黨現在是最大黨、但過去不是、未來也不一定是，否則是自打嘴巴、自砸招牌。
蘇巧慧說，「我可能會有設想不周的地方」，但民主珍貴的地方在每個人都可以提出自己的意見、互相討論，如果有不足之處，別人有好的意見，可以變成大家一致的意見，這沒有問題，好不容易有這個機會，應該把制度搞好。
蘇巧慧表示，如果第一個案子就被外界解讀為誰量身訂做，為某某派系等等，很沒意思，也不是她辛苦拚這個位置的初衷；針對提案修法，外界可以檢視她未來怎麼做，願意接受外界的檢視與批評。